Malbac

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摘要

Malbac
  Malbac玛碧-红葡萄品种,主要是用来酿造当地最著名的 “黒葡萄酒”. 玛碧属于中产量的葡萄品种,与众不同并有着相当好的陈年价值。 
  玛碧曾经在波尔多广泛种植,但后来被梅乐取代。 现在玛碧在法国的主要种植地是Cahors (就如Auxerrois),玛碧在阿根廷也是一种非常普遍的葡萄品种,发展得相当不错,特别是在近年来酿造出不少优质的葡萄酒;在智利,玛碧常被用来混合其它葡萄品种来酿造葡萄酒;同样,在法国的西南部葡萄酒法定产区中,玛碧也被广泛采用。 

MALBAC

  MALBAC(Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles,简称MALBAC),即多次退火环状循环扩增技术,是基于哈佛大学谢晓亮院士研究组的一项专利技术,是目前最先进的全基因组扩增技术。该技术及其在研究人类精子重组方面的独特应用2篇论文于2012年12月刊登于顶级学术期刊《Science》上[1] [2] 。

技术优势

  1)降低PCR扩增偏倚,使得单细胞中93%的基因组能够被测序。

  这种方法使得检测单细胞中较小的DNA序列变异变得更容易,因此能够发现个别细胞之间的遗传差异。这样的差异可以帮助解释癌症恶化的机制,生殖细胞形成机制,甚至是个别神经元的差异机制。

  2)灵敏度高:单细胞、单染色体或0.5pg的基因组DNA即可进行扩增。

  3)扩增均匀性显著优于其它技术。

  4)扩增产物用途广泛:可用于二代测序、微阵列、qPCR、基因克隆。

技术简介及原理

  PCR扩增往往具有偏好性而且基因组具有大量的冗余,会造成基因组测序准确性不高。而谢晓亮研发的MALBAC技术能从一个细胞的基因组中,分离出来自单细胞的DNA,然后添加称作引物的短DNA分子。这些引物可与DNA的随意部分互补,从而使得它们能够附着到DNA链上,充当DNA复制起点。

  这些引物由两个部分构成——一个包含8个核苷酸的粘性部分变化多样,可与DNA结合,再加上一个包含27个核苷酸的共同序列。这一共同序列通过将自身掺入到新拷贝链,从而自身成环,防止了过度拷贝,从而大大地降低了扩增偏倚。利用这种方法,可以完成高达93%的基因组测序。

技术应用

  1)样本稀少,用常规方法无法进行基因组或转录组分析

  癌症研究(穿刺取样、肿瘤循环细胞CTC,激光微切割组织)

  胚胎研究(早期胚胎发育、体外受精植入前筛查)

  原始材料很少的法医学、古生物学

  干细胞研究

  2)样本高度异质,细胞之间存在重要差异

  肿瘤遗传异质性研究,如化疗前后细胞种群及疗效分析

  生殖细胞,如不孕不育症研究、人类精子重组位点分析与染色体异常检测、花粉细胞遗传重组

  神经元的差异机制

  辐射前后细胞差异分析

参考资料

[1] C. Zong*, S. Lu*, A.R. Chapman*, X.S. Xie Genome-Wide Detection of Single Nucleotide and Copy Number Variations of a Single Human Cell Science 
[2]S. Lu*, C. Zong*, W.Fan*, M. Yang*, et al., Probing Meiotic Recombination and Aneuploidy of Single Sperm Cells by Whole Genome Sequencing using MALBAC Science 

开放分类

葡萄    

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创建者: xbz001

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最近更新:2015/6/8 8:51:10

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